Die ehemalige Klosterkirche St. Crucis, gelegen am Kornmarkt, weist sich durch das Fehlen eines Querschiffes, schmuckloses Mauerwerk sowie schlichte Maßwerkfenster und Portale als Bettelordenskirche aus. Sie wurde in der zweiten Hälfte des 13. Jahrhunderts unter Einbeziehung eines romanischen Vorgängerbaues von Franziskanermönchen errichtet, der Turm wurde - entgegen den Ordensregeln - Anfang des 15. Jahrhunderts im Winkel zwischen Langhaus und Chor eingefügt. Der seit 1802 profanierte Bau, der zunächst als städtische Waage und Kornmagazin, seit dem späten 19. Jahrhundert gar als Bauhülle für Büroräume und Wohnungen verwendet worden war, fand erst nach grundlegender Restaurierung in den Jahren 1973 bis 1975 und der nachfolgenden musealen Gestaltung eine angemessene Nutzung. Ein kleiner Ausstellungsbereich im Keller vermittelt einige Eindrücke zur Baugeschichte der Kirche und von den Restaurierungsarbeiten. Ergänzt wird diese Ausstellung durch eine Reihe von Bauspolien, die im Lapidarium, hinter der Nordwand der Kirche, zu sehen sind.
Die Kornmarktkirche war während der Bauernkriegsereignisse einer der Hauptorte des Geschehens in Mühlhausen. Hier sammelten sich die Aufständischen, und hier gossen sie die Geschütze für ihren Kampf. Der saalartige Innenraum der Kirche dient heute einer Ausstellung, die über den Verlauf, die Höhepunkte und die Nachwirkungen des Deutschen Bauernkrieges informiert. Historische Exponate, die von Münzen über Waffen und Dokumente bis hin zu Werken der bildenden Kunst reichen, verdeutlichen die soziale und gesellschaftliche Entwicklung jener Zeit. Dabei beschränkt sich die Exposition weder räumlich noch zeitlich auf die Mühlhäuser und Thüringer Ereignisse, sondern sucht diese Ereignisse in einem historischen Kontext darzustellen, der vom Humanismus des ausgehenden 15. Jahrhunderts über Reformation und Bauernkrieg bis hin zu den Steinschen Reformen am Anfang des 19. Jahrhunderts und der Bodenreform nach dem II. Weltkrieg führt.
Das Carillon im Turm der Kornmarktkirche fügt sich durch sein
allwöchentliches Geläut gut ins historische Ambiente der Stadt Mühlhausen ein.
