Das 1997 eröffnete Museum faßt verschiedene, bis dahin separat geführte Universitätssammlungen (Ägyptische Sammlung, Antikensammlung, Antike und nachantike Münzen und Medaillen) zusammen und ist damit zu einem der größten archäologisch-ethnologischen Universitätsmuseen in Europa geworden. Das Schloß Hohentübingen mit seiner Geschichte steht im Mittelpunkt eines ersten Ausstellungsabschnitts, außerdem bietet die Abteilung eine eingehende didaktische Einführung in die antike Numismatik. Daran schließen sich die Sammlungen der Ur- und Frühgeschichte an mit überregional bedeutenden Objekten. Die Abteilung Klassische Archäologie enthält Funde von H. Schliemanns Grabungen in Troja, mykenische Keramik und eine reiche Sammlung griechischer, italischer und etruskischer Vasen sowie Terrakotten, Bronzen und Marmorplastiken. Die ägyptologische Abteilung präsentiert eine umfangreiche Sammlung aus dem gesamten Bereich des Alten Ägypten mit Steingefäßen, Keramik, Skarabäen und Schmuck, aber auch mit dekorierten Särgen (Sarg des Idi), Stelen, Papyri sowie der Opferkammer des Seschemnofer III. Zur altorientalischen Sammlung gehören Stempel- und Rollsiegel, Dokumentationen zur Schriftentwicklung und zur Grabung von Tell Schech Hamad. Die völkerkundliche Abteilung schließlich zeigt Südsee-Kunst in ihrer Wirkung auf Europa.