Schwerpunkte der ständigen Sammlung bilden die Vor- und Frühgeschichte aus der Gemarkung Lauffen mit Bodenfunden in Form von Schmuck, Keramik und Werkzeugen aus Stein, Knochen und Metall sowie Funde von der Grabung des Landesdenkmalamtes im römischen Gutshof (Villa rustica).
Das Hölderlin-Zimmer des Museums zeigt eine rekonstruierte Karte des Klosterareals sowie ein detailgenaues Modell der Klosteranlage, das nach zwei Zeichnungen aus Hölderlins Zeit gestaltet wurde. Porträts der Großeltern und Eltern Friedrich Hölderlins sowie Jugend- und Erwachsenenporträts des Dichters sind zu sehen. Hochinteressant ist das Lauffener Kirchenbuch mit den Einträgen der Taufpaten Hölderlins. Eine Inventarliste der Gebrauchs- und Einrichtungsgegenstände der Familie Hölderlin, die anlässlich der Wiederverheiratung der Mutter nach dem Tod des Vaters erstellt wurde, gibt Einblick in das Alltagsleben des jungen Dichters.
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