Die Synagoge in Affaltrach wurde am 28. November 1851 mit einem Festprogramm von der ganzen Gemeinde Affaltrach sowie zahlreichen Gästen aus dem kirchlichen und öffentlichen Leben eingeweiht. Sie ist eine der wenigen Synagogen, die alle Räume, die für das kultische wie das tägliche Leben einer jüdischen Gemeinde wichtig sind, in einem Gebäude vereint: Gottesdienstraum, Schulzimmer, Sitzungszimmer, rituelles Tauchbad und Lehrerwohnung.
In der Reichspogromnacht vom 9. auf den 10. November 1938 wurde die Einrichtung des Betsaales geschändet und weitgehend zerstört, das Gebäude selbst blieb erhalten.
Heute gehört das Gebäude dem Landkreis Heilbronn. Er hat das zweckentfremdete Haus 1986 von der Gemeinde Obersulm übernommen, vor dem Verfall bewahrt und nach den alten Plänen wiederhergestellt. Der Freundeskreis ehemalige Synagoge Affaltrach e.V. hatte den Anstoß zur Rettung des Gebäudes gegeben und ist für die Bildungsarbeit und die Veranstaltungen im Museum verantwortlich. Die Betreuungskosten für den laufen Unterhalt trägt die Gemeinde Obersulm.
In fünf Räumen des Gebäudes wird anhand von Reproduktionen von Texten, Urkunden und bildlichen Darstellungen sowie Schautafeln und einigen Kult- und Alltagsgegenständen die jüdische Geschichte in Kreis und Stadt Heilbronn nachgezeichnet:
-Verfolgung und Ausweisung der Juden aus Heilbronn im Mittelalter
-Beispiele für Judenordnung und Schutzbriefe
-Rechtliche Gleichstellung der Juden im 19. Jahrhundert
-Systematische Verfolgung und Vernicht der Juden in der Zeit des Nationalsozialismus
-Würdigung jüdischer Persönlichkeiten unserer Heimat
Wechselnde Sonderausstellungen vertiefen einzelne Themenbereiche.