Das Museum beschäftigt sich in der Hauptsache mit der Darstellung frühzeitlicher Spuren der Besiedelung dieser Region. Hervorzuheben sind hierbei bandkeramische Siedlungsfunde sowie der Zeichenstein von Warburg, der 3,8 t schwer und 2,40 m lang ist. Diese Sandsteinplatte war Teil eines jungsteinzeitlichen Grabes, das im 4 Jahrtausend v.u.Z. gestaltet wurde.
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