Das stadtgeschichtliche Museum wurde 1995 auf zwei Etagen des spätgotischen Markgrafenschlosses eingerichtet, dessen heutiges Erscheinungsbild auf Umbauten des 16. Jahrhunderts zurückgeht. Die Dauerausstellung zur Stadtgeschichte im ersten Obergeschoß spannt einen zeitlichen Bogen von der ersten urkundlichen Erwähnung im Jahr 1094 bis in die neuere Zeit mit den Themen Handwerk, Zunftwesen, Industrialisierung und Emmendingen im 18. Jahrhundert. Markante Persönlichkeiten aus der Geschichte Emmendingens, etwa Johann Georg Schlosser, der mit Goethes Schwester Cornelia verheiratet war, oder der Flugpionier Carl Friedrich Meerwein, finden besondere Beachtung. In wechselnder Ausstellung sind Arbeiten des Malers Fritz Boehle (1873-1916) sowie Teile der Kamera- und Photosammlung Hirsmüller (1861-1993) zu sehen.