1998 änderte sich der Status des Museums erneut wesentlich: Die in unsere Gegenwart bestimmende Finanznot in den öffentlichen Kassen veranlaßte auch den Kreis Nordfriesland, unser Museum aus seiner Unterhaltung zu entlassen. Diese hat in der Nachfolge die Ortsgemeinde St. Peter-Ording übernommen. In ihrem Auftrage kümmert sich nun ein eigens dazu gegründeter Förderverein "KulturTreff". 2004 erfolgte die endgültige Rückkehr zur Selbstständigkeit Das gesamte Inventar wurde an das "Amt Eiderstedt" übergeben und in einem auf Eiderstedt neu eingerichteten Archiv eingelagert. Wie in der Gründungsphase vor 104 Jahren ist das Museum wieder ein Regionalmuseum - das Museum der Landschaft Eiderstedt.
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