1990 ist das Heimatmuseum Brunsbüttel neu im ehemaligen Rathaus der Altstadt eingerichtet worden. In die Ausstellung wurde dabei die stadtgeschichtliche Sammlung aus dem früheren Heimatraum im "Matthias-Boie-Haus" integriert.
Anhand historischer Karten, Pläne, Fotos und anderer Dokumente wird die wechselvolle Geschichte des Ortes am Eingang des Nord-Ostsee-Kanals gezeigt. Schwerpunkte dabei bilden: Kunsthandwerks- und Gebrauchsgegenstände aus den Bereichen Arbeit und Leben der Brunsbütteler Familien sowie Dokumente zum Wirken Brunsbütteler Persönlichkeiten wie Künstler und Dichter, Cap Horniers, Lotsen, Walfänger, Torfstecher usw.
Sonderausstellungen zur unterschiedlichen Themen werden in unregelmäßigen Abständen gezeigt.