Das Museum hat sich in der Vergangenheit auf Probleme der Naturkunde, der Grundstoffindustrie und der Ökologie spezialisiert. Dazu gehören Expositionen zur Geologie und Biologie, zur Land- und Forstwirtschaft und zum Bergbau.
Weitere Räume dienen der Information über historisches Handwerk, über Folklore und historischen Städtebau.
Als Außenstelle betreut das Museum eine Touristenattraktion in der Innenstadt, das kleinste Haus von Wernigerode.
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