Bis ins 19. Jahrhundert waren die Angehörigen von Universitäten nicht Bürger der Stadt, in der sie lebten, sondern galten als "Bürger" der Universität. Vergehen der Studenten wurden deshalb nicht von den städtischen Behörden abgeurteilt, sondern von universitären Gremien und falls es zu einer Verurteilung kam, wanderten sie auch nicht ins Stadtgefängnis, sondern in den universitätseigenen Karzer. Erst als die Universitäten dieses Privileg verloren, wurde der Karzer zu einem eher pädagogischen Instrument - allerdings konnten von staatlichen Gerichten verhängte kürzere Haftstrafen nach wie vor im Karzer abgebüßt werden.
Der Karzer der Georg-August-Universität Göttingen wurde im 19. Jahrhundert wegen der Erweiterung der Universitätsbibliothek unter das Dach der Aula am Wilhelmsplatz verlegt, samt einer Zellentür des alten Karzers und dem darauf befindlichen Graffito Bismarcks, die sich inzwischen allerdings in Bismarcks letzter Göttinger Studentenwohnung, dem Bismarck-Häuschen, befindet.
In den 1820er Jahren, als sich Heinrich Heine in Göttingen aufhielt, war ein Pedell namens Brühbach für den Betrieb des Karzers zuständig, der sich aber offensichtlich keines großes Respekts seitens der Studenten erfreute.
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