Haruka und Makoto haben den nächsten Schritt in ihrem Leben gewagt und sind nach Tokyo gezogen. Dort warten an der Universität und beim Training für die Welt meisterschaft viele spannende Überraschungen auf Haruka, während Makoto seine ersten Erfahrungen als Schwimmlehrer sammelt. Zeitgleich versuchen Nagisa und Rei den Weggang ihrer beiden Teamgefährten zu kompensieren und neue Mitglieder für den Iwatobi Schwimmklub zu rekrutieren.
