Bis zu dreißig unterschiedliche Ausstellungen finden jährlich in den Räumen der Franckeschen Stiftungen statt. Vornehmlich sind dies kulturhistorische Ausstellungen zur Stiftungsgeschichte und dem frühen 18. Jahrhundert, ferner Kunstausstellungen und Ausstellungen von und für Kinder. Daneben zeigen die Stiftungen immer wieder Schätze aus den eigenen Beständen in kleinen Kabinettausstellungen. Im Erdgeschoss des Historischen Waisenhauses wird im Francke-Kabinett eine ständige Ausstellung zum Leben und Werk August Hermann Franckes präsentiert. Neben den Räumen des Historischen Waisenhauses wird auch das ehemalige Lesezimmer in der Historischen Bibliothek für Ausstellungen genutzt.
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