Das neu renovierte Museum befindet sich in den historischen Räumen der ehemaligen bischöflichen Residenz. Im Südflügel wird seit 1974 in sechs Räumen der Domschatz präsentiert, der ursprünglich in einer Gewölbekammer hinter dem Südchor des Domes aufbewahrt war. Die um 1565 entstandenen Fresken der zwölf Apostel, Kirchenväter und Evangelisten sowie der ebenfalls in der Renaissance gefertigte sog. Wandula-Altar vermitteln einen Eindruck dieser Epoche. Die ständige Sammlung birgt Schatzkammerstücke aus der Herbstzeit des Mittelalters. In einer der Werkstätten der französischen Fürstenhöfe um 1400 ist wohl das Regensburger Emailkästchen entstanden - ein rares Beispiel vergangener Pracht und Raffinesse, geziert von goldenen Strahlenmonden und phantastischen Fabeltieren.