Seit Herbst 1998 nimmt das räumlich erweiterte Museum das komplette erste Obergeschoß des Prinz-Max-Palais ein und kann auf nahezu 800 Quadratmetern Ausstellungsfläche viele bisher nicht gezeigte Sammlungsobjekte aus drei Jahrhunderten präsentieren. Der Geschichte Karlsruhes von der Stadtgründung 1715 bis zur Gegenwart ist die ständige Ausstellung gewidmet und um folgende Schwerpunkte angeordnet: Fürstenhof und Untertanenstadt, Stadtmodell "Karlsruhe 1834", der badische Erfinder Karl Friedrich von Drais, Revolution und Reaktion 1848/49, Industrie und Arbeiterschaft, Bürgerliches Freizeitverhalten, Schicksal einer Stadt in und zwischen den Weltkriegen 1914-1945, Trümmerbeseitigung und Wiederaufbau, Siedlungsbau und Eingemeindungen. Die Epochendarstellungen wird durch Rauminszenierungen wie etwa eine Stadtapotheke oder ein Biedermeierzimmer vertieft.
